实验动物需编号标记以示区别，便于实验者观察每个动物的变化。实验动物编号标记的方法很多，好的标记应达到清晰、耐久、简便适用的要求。常用的方法有化学染色法，耳缘剪口法或打小孔法，挂牌法及烙印法。
染色标记法是用毛笔或棉签蘸取化学药品，在实验动物体表不同部位涂上斑点，以示不同编号。
此法适用于白色皮毛动物如大白鼠、小白鼠、豚鼠和大耳白兔等动物的编号。编号的原则是“先左后右、先上后下”。常用的染色方法有：
1、直接用染色剂在动物被毛上标号码。此法简单，但如果动物太小或号码位数太多，就不可能采用此法。
2、用一种染色剂染动物的不同部位，颜色可标记1～10号。其惯例是先左后右、从上到下。其顺序为左前腿1号，左腹部2号，左后腿3号，头部4号，腰部5号，尾根部6号，右前腿7号，右腹部8号，右后腿9号。
3、若用两种颜色的染液配合使用，其中一种颜色代表个位数，另一种颜色代表十位数，可编到99号。例如要标记12号，就可以在左前腿涂上红色，左腹部涂上黄色。
染色法简便清晰，适用于短期实验。若实验时间较长，颜色可自行消褪，再加上动物之间互相摩擦，尿、水浸湿被毛等原因，均可使编号不清，为避免褪色，每隔2～3周可重染一次。
挂牌法是用金属制作的号牌固定在实验动物的耳上或颈部的编号方法，适用于猫、犬、猴、鸡等动物编号。此法缺点在于挂牌可使动物感到不适，动物会用前爪搔抓号片而使耳等部位损伤。
(一)分组的原则：进行动物实验时，经常需要将选择好的实验动物按研究的需要分成若干组。动物分组应按随机分配的原则，使每只动物都有同等机会被分配到各个实验组与对照组中去，以避免各组之间的差别,影响实验结果，特别是进行准确的统计检验,必须在随机分组的基础上进行。每组动物数量应按实验周期长短、实验类型及统计学要求而定。如果是慢性实验或需要定期处死动物进行检验的实验，就要求选较多的动物，以补足动物自然死亡和认为处死所丧失的数量，确保实验结束时有合乎统计学要求的动物数量存在。
(二)建立对照组：分组时应建立对照组。1.自身对照组：是指实验数据而言。实验动物本身在实验处理前、后两个阶段的各项相关数据就分别是对照组和实验组的实验结果，此法可排除生物间的个体差异。2.平行对照组：有正对照组和负对照组两种。给实验组动物某种处理，而给正对照组用同样方法进行处理，但并不采用实验所要求的药物或手段，负对照组则不给任何处理。3.具体分组时，应避免人为因素, 随机把所有的动物进行编号，然后令其双数为Ａ组(实验组),单数为B组(对照组)即可或反之。如果要分若干个组时，应该用随机数字表示进行完全随机分组。
